Sędziowie uznali, że niezgodne z konstytucją są właściwie wszystkie punkty uchwały mówiące o sprawach, jakimi komisja ma się zajmować. Podkreślili, że komisja nie może być „superorganem”, nie ma prawa kontrolować działań NBP, podobnie jak działań niektórych członków KNB. Sędzia Mirosław Wyrzykowski tłumaczył, że zasadniczym elementem statusu NBP jest jego niezależność od innych organów państwa. Podkreślił, że rola banku centralnego jest wyjątkowa.
Komisja nie będzie mogła również badać działań osób prywatnych i przedsiębiorców. Takie osoby można wzywać na przesłuchanie, ale jedynie wtedy, gdy są uzasadnione podejrzenia, iż wywierały one wpływ na ludzi podejmujących decyzje w Sejmie i rządzie. Ponadto za sprzeczny z konstytucją uznano zapis mówiący o okresie, jakim komisja miała się zająć. Według Trybunału, daty graniczne – od 4 czerwca 1989 roku do połowy marca tego roku – nie mają żadnego logicznego uzasadnienia.
Jednocześnie Trybunał uznał, że nie ma prawa do kontrolowania fragmentu dotyczącego samego powołania komisji śledczej i umorzył postępowanie w tej części sprawy.