Z bankowością związała się w 1994 roku. W latach 1994-2001 zatrudniona była w Powszechnym Banku Kredytowym SA (aktualnie Bank Przemysłowo-Handlowy), gdzie awansowała, obejmując ostatecznie stanowisko dyrektora departamentu skarbu. Od 2001 do 2002 pracowała na stanowisku dyrektora departamentu zarządzania aktywami i pasywami w Telekomunikacji Polskiej SA oraz zastępcy dyrektora pionu ekonomicznego w Polskim Górnictwie Naftowym i Gazownictwie SA.
W 2002 roku ponownie związała się z bankowością, podejmując pracę w DZ BANK Polska SA, gdzie uczestniczyła w jego restrukturyzacji. Początkowo na stanowisku dyrektora zarządzającego departamentem finansów, w grudniu 2003 powołana została na członka zarządu banku, odpowiadając za obszar finansów, skarbu i instytucji finansowych oraz bankowości prywatnej.
W latach 1996-2006 w PBK SA i DZ Bank Polska SA Ewa Lipińska pełniła kolejno funkcje: członka, zastępcy przewodniczącego i przewodniczącego Komitetu Zarządzania Aktywami i Pasywami (ALCO) oraz była członkiem rad nadzorczych, w tym Przewodniczącą Rady Nadzorczej Biura Maklerskiego Amerbrokers (2003-2006).
Ewa Lipińska jest absolwentką Wydziału Handlu Zagranicznego SGPiS (Szkoła Główna Handlowa) oraz wielu specjalistycznych programów szkoleniowych z obszaru finansów i zarządzania ryzykiem rynkowym, aktywami i pasywami banku, instrumentów pochodnych, kontrolingu (w tym kursu przygotowawczego dla doradców inwestycyjnych).