Podstawowa metoda to płatności kartami, które obsługuje eCard oraz Polcard. Część klientów obawia się jednak podawania numerów kart w Internecie (teoretycznie mogą zostać przejęte i wykorzystane w nielegalny sposób). Bezpieczniejsze są elektroniczne przelewy w czasie rzeczywistym wprost z rachunków bankowych. Każdy bank zabezpiecza je dodatkowo loginem i hasłem oraz dodatkowymi narzędziami (token, hasła jednorazowe itp.). Internetowych kont bankowych jest w Polsce ponad 3 mln. Odpowiednie moduły transakcyjne udostępniają banki internetowe oraz tradycyjne. Można się z nimi porozumieć bezpośrednio albo skorzystać z któregoś z licznych agregatorów płatności. Takie firmy udostępniają kilka rodzajów płatności w jednym systemie. Są to zwykle płatności kartami, przelewy np. z mBanku, Inteligo czy z innych banków.
Według „Rzeczpospolitej” szczególnie dużo rachunków bankowych obsługuje serwis Przelewy24 (11 banków). Podobny serwis uruchomił eCard znany z obsługi płatności kartami. Na razie obsługuje niewiele banków, ale ma się to zmienić. Poza tym można jeszcze wymienić serwis Platnosci.pl. Są to na ogół firmy mało znane, które mogą budzić obawę kontrahentów o terminowe przelewanie należności. Jeżeli mamy tego typu wątpliwości, to powinniśmy sprawdzić, z jakich agregatorów korzystają tak doświadczone e-sklepy, jak Merlin czy Helion.pl albo sklepy w pasażach handlowych Onetu lub Wirtualnej Polski.