Oznacza to, że SEPA będzie spełniać rolę zintegrowanego rynku usług płatniczych działającego na zasadach efektywnej konkurencji. Płatności transgraniczne w ramach strefy euro będą traktowane na równi z krajowymi. Aby było to jednak możliwe, należy usunąć wszelkie bariery techniczne, prawne i handlowe pomiędzy rynkami poszczególnych państw członkowskich posiadających własne systemy płatnicze, a także własne ramy prawne. Największe trudności związane z wprowadzeniem strefy SEPA związane są z niekompatybilnością krajowych infrastruktur i technologii. Wiele państw posiada bowiem własny specyficzny sposób dokonywanie operacji bankowych. Dla przykładu w Polsce krajowy przelew międzybankowy jest wykonywany w ciągu jednego dnia. Taka sama operacja w Wielkiej Brytanii zajmuje przynajmniej 2-3 dni. Również opłaty bankowe i inne opłaty różnią się pomiędzy krajami. Dostosowanie się do wymogów strefy SEPA oznacza konieczność podjęcia wielu działań zarówno na poziomie banków centralnych, jak i banków komercyjnych, co z kolei związane jest z koniecznością poniesienia niemałych nakładów inwestycyjnych. Co więcej, w związku z wprowadzeniem Jednolitego Obszaru Płatniczego w Euro, banki należące obecnie do strefy euro stracą część przychodów generowanych przez rynek płatniczy. Tak wynika z badań przeprowadzonych przez firmy CapGemini, ABN Amro i The European Financial Management & Marketing Association (Efma). Badanie, w którym wzięło udział wiele banków europejskich, w tym z Austrii, Francji, Niemiec, Włoch, Hiszpanii i Holandii pokazało, że w perspektywie do 2010 roku przychody bezpośrednio związane z obsługą dokonywanych przez klientów płatności spadną o 18-29 miliardów euro, czyli nawet o 38-62%. Aby utrzymać rentowność prowadzonej działalności na dotychczasowym poziomie, banki będą musiały dokonać pewnych zmian, na przykład zminimalizować koszty wewnętrzne, unowocześnić strategie cenowe oraz przekonać jak największe grono klientów do korzystania z płatności elektronicznych, kosztem rozliczeń gotówkowych. Dlatego tak ważne jest, aby banki jak najszybciej przeprowadziły analizę krótkoterminowych skutków wprowadzenia strefy SEPA wynikających z pojawienia się nowych wymogów regulacyjnych, co przełoży się na konieczność dokonania zmian w strategiach marketingowych oraz samej działalności operacyjnej. Banki muszą również ocenić, czy działalność związana z obsługą płatności będzie przynosiła zyski w długim okresie czasu. Przygotowywanie się do wprowadzenia zasad Jednolitego Obszaru Płatniczego w Euro jest więc dobrym momentem dla banków na reorganizację prowadzonej działalności, chodzi tu szczególnie o zmniejszenie aktywności na rynku płatniczym.
Z przeprowadzonych badań wynika również, że stopień korzystania z instrumentów spełniających wymogi strefy SEPA różni się pomiędzy krajami. Jednak aż 85% płatności bezgotówkowych dokonywanych jest za pomocą instrumentów płatniczych, które w przyszłości będą wykorzystywane w ramach strefy SEPA (chodzi tu płatności direct debit (polecenie zapłaty), przelewy oraz płatności dokonywane za pomocą kart płatniczych). Z drugiej strony nie ma dowodów na to, że państwa prowadzą aktywną działalność na rzecz zastąpienia płatności gotówkowych, bezgotówkowymi.
Chęć spełnienia wymogów strefy SEPA oznacza dla banków konieczność poniesienia kosztownych inwestycji, stawienie czoła większej konkurencji ze strony nowych graczy na rynku oraz konieczność poradzenie sobie ze spadkiem przychodów z tytułu obsługi płatności. Z badań przeprowadzonych przez firmę Accenture wynika, że 100 największych banków w Europie wyda łącznie 3 miliardy euro na zmiany niezbędne, aby spełnić wymogi strefy SEPA.
Ponad jedna trzecia ankietowanych banków (39%) powiedziała, że planowane jest zastąpienie starych systemów przetwarzania płatności nowymi – zgodnymi z wymogami strefy SEPA, ponad połowa natomiast (55%) planuje jedynie zmodernizować obecnie stosowane systemy. Tylko 6% przedstawicieli banków powiedziało, że jeszcze nie podjęto decyzji o sposobie dostosowania systemów obsługi płatności do wymogów strefy SEPA. Największe wydatki związane z wprowadzeniem Jednolitego Obszaru Płatniczego w Euro zaplanowane zostały przez banki brytyjski i skandynawskie (nienależące do strefy euro) – ok. 300 i 250 milionów euro oraz banki francuskie i włoskie (należące do strefy euro) – po około 500 milionów euro. Zdaniem banków, najbardziej kosztownym produktem będzie Polecenie Zapłaty.
Wiele banków oceniając ideę powołania SEPA traktuje ją jako możliwość zwiększenia efektywności działalności handlowej prowadzonej przez banki, z drugiej strony ponad jedna czwarta (27%) określa inicjatywę jako projekt o wysokim ryzyku z nierealnym do spełnienia terminem rozpoczęcia funkcjonowania strefy SEPA. Ponad 60% respondentów przyznało, że aby spełnić wymogi SEPA do 2008 roku będą zmuszeni wprowadzić tymczasowe rozwiązania. Pełna integracja rynków płatniczych przewidziana jest na 2010 rok.
Z punktu widzenia klientów korzystających z usług bankowych, wprowadzenie Jednolitego Obszaru Płatniczego w Euro oznacza wiele korzyści. Bez względu na to, obywatelem którego państwa członkowskiego się jest, można będzie łatwo, szybko i tanio dokonać płatności na rzecz osoby lub firmy z innego państwa członkowskiego, po kosztach takich samych jak w granicach własnego kraju. Wprowadzenie strefy SEPA oznacza również rozwój rynku usług płatniczych, czyli pojawienie się nowoczesnych produktów bankowych. Komisja Europejska ma również nadzieję, że SEPA przyczyni się do zwiększenia transgranicznej konkurencji pomiędzy bankami – zwłaszcza w dobie bankowości internetowej.