Należy jednak zaznaczyć, że w ten sposób obowiązkowo będą rozliczały się z fiskusem duże firmy, czyli podmioty które pozostają we właściwości naczelników urzędów, a także organy administracji państwowej, banki oraz inne instytucje finansowe, sądy, notariusze i komornicy sądowi. Wszyscy podatnicy natomiast będą mogli w formie elektronicznej wnosić do organów podatkowych podania, żądania, wyjaśnienia, odwołania, zażalenia, ponaglenia, czy też wnioski.
Tak jak obecnie, podatnik otrzyma interpretację w ciągu 3 miesięcy od złożenia wniosku. Jeśli nie będzie się z nią zgadzał, może ją zaskarżyć do sądu administracyjnego. Ordynacja podatkowa zakłada, że wiążące interpretacje podatkowe będzie wydawać Ministerstwo Finansów, a nie jak dotychczas urzędy skarbowe. Pozwala ona jednak resortowi finansów zlecać wydanie interpretacji danemu urzędowi skarbowemu. Nowa ordynacja wprowadza też opłaty w wysokości 75 zł za wydanie interpretacji. Płacić będziemy osobno za interpretację każdego „stanu faktycznego”, zaś jeden wniosek o wydanie interpretacji może zawierać kilka takich „stanów faktycznych”.
Uchwalona ordynacja rozszerza również możliwość tzw. kontroli na legitymację. W razie nieobecności przedsiębiorcy, kontrolerzy podatkowi będą mogli wejść do firmy po okazaniu pracownikowi legitymacji służbowej, bez pisemnego uzasadnienia. Obecnie kontrola na legitymację musi odbywać się w obecności pracodawcy lub upoważnionej przez niego osoby. Według przedsiębiorców przepis ten stwarza możliwość nadużyć.
Nowelizacja ordynacji podatkowej wprowadza nowe formy zabezpieczeń wykonania zobowiązania podatkowego, są nimi: gwarancja bankowa lub ubezpieczeniowa, poręczenie banku, weksel z poręczeniem wekslowym banku, czek potwierdzony, zastaw rejestrowy na prawach z papierów wartościowych emitowanych przez Skarb Państwa lub Narodowy Bank Polski oraz depozyt w gotówce. Spośród tych form podatnik będzie mógł wybrać najbardziej dla siebie dogodną i wnioskować o jej ustanowienie.
Nowa ordynacja ma wejść w życie 1 stycznia 2007 r., z wyjątkiem przepisu o interpretacjach, które mają obowiązywać od 1 lipca 2007 r. Ma to dać resortowi więcej czasu na dostosowanie się do zmian.
